Quando disabilito una regola di inserzione automatica chiudo in automatico anche le inserzioni già attive?

La risposta alla tua domanda è no. 

Disabilitando la regola, le inserzioni - dei prodotti presenti nella cartella su cui è stata applicata la regola - già attive rimarranno tali.

Se disabiliti la regola, quello che farai è bloccare l'inserzionamento automatico di tutti i prodotti che si andranno ad aggiungere successivamente a quella cartella.

Facendo un esempio.

Ho una cartella di nome "Freni".

In questa cartella sono presenti 20 prodotti. Una regola di inserzione automatica chiamata "Auto>Freni" è stata creata e abilitata su questa cartella e sono state fatte, di conseguenza, 25 inserzioni.  

Disabilito la cartella.

Altri 25 prodotti sono creati nella cartella "Freni" ma le inserzioni relative alla regola di inserzione "Auto>Freni" rimandono 25.

Lo stesso meccanismo vale per l'altra spunta di abilitazione presente nelle regole di inserzione automatica: abilita per il relist.